1984年国家教育部发出通知，要求所有“文革”以前建立的高等学校，着手组织力量编写校史。全国高校系统纷纷启动校史编写工作。在编写过程中，各校深感需要就编写中的共性问题进行交流、探讨，便于1988年9月商议召开“高校校史研讨会”，得到厦门大学的大力支持。同年，十几所院校在该校召开了第一届高校校史研讨会，并成立了“高等学校校史研究会”，在中国高等教育学会备案，接受中国高等教育学会指导。学会的主要工作内容是研究、探讨各校校史编写中的共性问题，为决策部门提供校史信息咨询。1995年5月28日经中国高等教育学会批准，正式成为分支机构。2002年2月重新登记后，仍作为中国高教学会的分支机构，并更名为“中国高等教育学会高校校史研究专业委员会”。2003年12月高等教育学会发文正式核准名称为“中国高等教育学会校史研究分会”。

研究会成立之后，建立了管理机构，制定了章程，每两年召开一次学术研讨会，交流校史编研的经验，探讨工作中的具体问题。迄今已分别在厦门大学、西安交通大学、北京师范大学、四川（联合）大学、上海交通大学、山西大学、重庆大学、湖南大学、天津大学、云南大学召开了十次研讨会，并出版了《学府史论》一书，收集了前五次研讨会部分会员单位的学术论文。

研究会现有会员单位38个，都是建校时间较长，校史研究工作在国内有一定影响的高等院校。首任会长为北京大学原党委书记王学珍，现任会长为上海交通大学原党委书记王宗光，副会长为南开大学副校长陈洪、南京大学教育科学与管理系副系主任王运来，下设秘书长单位。历任秘书长单位为天津大学、华东师范大学。现秘书长单位为复旦大学。历任秘书长为天津大学档案馆馆长王杰、华东师范大学档案馆馆长兼校史党史办公室主任朱小怡，现任秘书长为复旦大学校史研究室主任龚向群。研究会下设学术委员会，由南开大学梁吉生教授任主任、南京大学王运来教授及复旦大学龚向群副研究馆员任副主任。研究会另设14个常务理事单位。